A primeira versão do ImazonGeo foi lançada em 5 de junho de 2007, com o apoio da Fundação Moore, Agência dos Estados Unidos para o Desenvolvimento Internacional (USAID) e Fundação Packard. Em 2009, uma nova versão, chamada ImazonGeo 2.0, foi lançada, recebendo apoio adicional da Fundação Moore, da Fundação Avina e Fundo Vale. Em 2018, devido ao avanço das tecnologias de publicação de mapas na web, foi introduzida a versão ImazonGeo 3.0, que visava aprimorar a disseminação do conteúdo do portal para um público diversificado, incluindo municípios, ONGs, Ministérios Públicos, agências estaduais e federais de regularização fundiária, comunidade científica e educacional e mídias sociais. Essa atualização foi lançada no estande “Espaço Amazônia: Floresta e Comunidade”, durante o IX CBUC – Congresso Brasileiro de Unidades de Conservação e facilitou o acesso às informações sobre a influência da ocupação humana na Floresta Amazônica.